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2.部分仿真图预览
3.算法概述
fastaread函数是matlab生物信息学工具箱内置的一个函数，给我们的使用上带来了巨大的方便。对于基因DNA序列，转录RNA序列和表达蛋白序列的读取非常方便。
使用语法为：
p53nt = fastaread('p53nt.txt') %
p53nt.txt 为fasta 格式存储序列的文件 返回的p53nt为一个结构变量，包括Header 和 Sequence两个成员名称。
4.部分源码
...................................................................
[xA xT xC xG] = dna_binary(sample_dna);
xA = [zeros(1,floor(frmsz/2)) xA zeros(1,ceil(frmsz/2))]; % Zero padding from both sides
xT = [zeros(1,floor(frmsz/2)) xT zeros(1,ceil(frmsz/2))];
xC = [zeros(1,floor(frmsz/2)) xC zeros(1,ceil(frmsz/2))];
xG = [zeros(1,floor(frmsz/2)) xG zeros(1,ceil(frmsz/2))];
R = 0.992;
theta = (2*pi)/3;
% Filter Coefficients %
% ------------------- %
b = [1 0 -1];
a = [1 -2*R*cos(theta) R^2];
% Filtering the signal (DNA Sequence) %
% ----------------------------------- %
uA = filter(b,a,xA);
uT = filter(b,a,xT);
uC = filter(b,a,xC);
uG = filter(b,a,xG);
% Detection of Period-3 Behavior using Singular Value Decomposition %
% ----------------------------------------------------------------- %
for n = 1:length(sample_dna)
sa = reshape(uA(n:n+frmsz-1),3,frmsz/3);
XA(n) = max(svd(sa));
st = reshape(uT(n:n+frmsz-1),3,frmsz/3);
XT(n) = max(svd(st));
sc = reshape(uC(n:n+frmsz-1),3,frmsz/3);
XC(n) = max(svd(sc));
sg = reshape(uG(n:n+frmsz-1),3,frmsz/3);
XG(n) = max(svd(sg));
end
X = XA + XT + XC + XG;
A226
